石榴盆景自花授粉也能结果，但不及异花(品种间)授粉结果率高。石榴花是两性虫媒花，子房下位，根据子房和花柱(雌蕊)的发育程度，又分为完全花、败育花和中间花。完全花是两性发育正常的花，子房明显粗大，呈圆筒型(又叫葫芦型)，雌蕊粗壮高于雄蕊或与其等高，正常条件下可授粉受精而坐果，俗叫母花、果花。
败育花，是两性发育不正常的花，多为雌性败育，子房瘦小，呈喇叭型(又叫钟型)，雌蕊明显低于雄蕊，或无雌蕊，俗叫公花、狂花。
中间花介于两者之间，部分也可坐果，多见于各色重瓣花品种中。自然授粉主要靠昆虫来传播，当花期遇上连阴雨，昆虫活动受阻，就要充分利用阴雨间隙，抢时进行人工辅助授粉，有时虽不遇雨，但昆虫活动少，想提高坐果率也要人工授粉。
人工授粉，在疏花没有留败育花的情况下(败育花雄蕊花粉亦可授粉)，可用美容毛笔(笔头篷大)在单花开放的当天或第二天(这两天时间最好)，也可在已开花散粉盆树的留存花上粘取花粉，当笔毛尖端粘满鲜黄色花粉后，再到另一品种盆树上点花授粉。每粘粉一次可点母花十朵左右。因石榴花期长，可连续多授几次，以提高坐果率。
