修剪是石榴盆景养护管理的重要一个环节。整形修剪，以自然开心形为适合，可根据它抽枝、开花的习性来进行。挂果后的修剪重点不同于整形修剪，主要包括以下方面：
其次，重点修剪石榴树的徒长枝条和根际的萌蘖条。因为徒长枝是主干或大型侧主枝皮层内的隐芽所萌发，发势强，呈直立或向斜上方生长，但不易分化花芽，干扰树形。根际萌蘖条的由地下根际上萌发而来，长势比树冠枝条快，但多是只消耗养分，要剪除。
对徒长枝可以对其进行短截。方法是：2月起，在未生长枝叶之前，可把过高部分用剪刀短截。如果内心枝条过多，也可修去一部分，这样做不会影响继续生长和开花结果。如果在生长期又长出过高的徒长枝条时，仍可继续把徒长枝条再短截，这样可保持它的低矮姿态。
此外，石榴盆景果实坐牢后，应适当疏果。通常，一件中型盆景留有3～5个果，一件稍大型盆景留有6到8个果最好，果实分布要高低错落，有疏有密，这样最好看。如果果实太多除显得杂乱无章外，还会影响明年结果。
