树桩在生长过程中，要从盆土中吸取养分，而盆土养分有限，不能长期维持所需要的营养，会因缺肥使叶片发黄，枝条细弱，花稀果少，对病虫害抵抗力减弱，观赏价值降低，为此应注意补充适当的肥料。但一般树桩盆景生长缓慢，不宜施肥过多，以免陡长，影响树姿的美观。施肥要注意适时适量，还要掌握施肥的种类和含量。
树桩生长主要需要氮、磷、钾三种肥料。氮肥促进枝叶生长，磷肥促使花芽形成，花大色艳，果实早熟，钾肥促进茎、干和根部生长。施肥还要根据树种而有所不同，松柏类盆景不宜多施肥，肥多会使针叶变长，造型变样，影响观赏价值。每年冬季施一次基肥，生长期追施一次薄肥即可。花果类盆景如杜鹃、石榴、山楂、金弹子、迎春等在开花结果前后，应适当施肥，除氮肥外，还要施一些磷肥。雀梅、榔榆、三角枫等杂木类桩景，施肥不宜多，如叶色正常、鲜绿有光泽，则可以不施或少施，以保持树姿的优美。
桩景施肥要注意几个事项：有机肥或各种饼肥，不腐熟不施，浓肥不施，一定要稀释后才能使用，刚上盆的桩子不宜施肥，雨季、伏天、盆土过湿时不宜施肥。掌握施肥要领，才不致产生肥害。
泡制饼肥时，把柑橘皮放在肥桶里臭味会小很多，再放点硫酸亚铁，这种肥水对南方树种如福建茶、苏铁、榕树、九里香、桂花等很适用，这些树种适应酸性土壤生长，但在北方，土壤中性或偏碱性，对这些植物生长不利，常有叶子发黄、生长弱现象。平时可以常施些含硫酸亚铁的肥水，促使叶片黑绿有光泽。市面上卖的复合肥也可以用，但一定要注意用量，使用时要少施，以免烧坏根系。
