修枝时间的确定，主要依据各桩景的生长习性，选择适宜的时间。当年生枝条上开花的花果类桩景，宜在春季修剪，如石榴。而夏季开花的紫薇，宜秋末或春季修剪；头年已形成花芽在春季开花的，如桃、梅、迎春等，宜在花凋谢后立即保留枝条基部2～3个芽修剪；松柏类桩景，宜在4～5月修剪；常绿阔叶树桩宜在6～7月进行；落叶树桩类可根据树木生长情况，在整个生长期内随时修剪。
修剪时总的要求是：视树桩的形状突出观赏效果，一般徒长枝、内膛枝、丛生枝、下垂枝、病弱枝、枯枝是修剪的重点；树冠上部枝条要多剪，去掉枝长的2/3；下部枝条要适当少剪，最多去掉枝长的l/3。这样上部枝条生长受到抑制，下部枝条生长发育旺盛而茂密，就可避免产生头重脚轻失去平衡的现象。达到通风透光，姿态优美的效果，修剪有两种方法：
一是将无用的枝条，从枝的基部剪掉，满足造型要求，并达到通风透光目的。
二是短剪，根据造型要求，把枝条剪掉一部分，保留一部分。剪去枝顶端不超过枝总长1/3称为轻剪(又称弱剪)；剪去枝长1/2左右者称中剪；剪去枝长的2/3以上，甚至仅留基部2～3个芽(或叶)者称重新修剪(又称强剪)。短剪不但可以维护树形不变，还可刺激侧枝迅速生长。每年修剪的次数依树种类不同差异很大，萌芽力较强的树种如雀梅、榆树、六月雪等每年可修剪3～5次；而罗汉松、瓜子黄杨等发枝力弱，只能在每年6月、10月各修剪1次。
另外，有些树桩的枝叶成片状整齐分布，当枝条上长出一些突出枝，就会影响了树桩外形的平整和美观，发现后就要随时将突出枝剪齐、修平，注意保持上下层次清晰和高低协调。花果类树桩的修剪，一定要在了解它们的开花结果习性后再修剪。
如梅花只在当年新枝上形成花芽而开花。修剪时只能修老枝，而对当年长出的新枝一般是不进行修剪的。石榴是在头年形成的结果母枝上(一般均不太长)，抽生新梢(即结果枝)，在新梢上着生1～5朵花，其中顶生的花芽最易结果，所以切不可将结果后的母枝短截，也不可将顶芽摘除。
