盆栽果树因土量有限，要求在有限的盆土中含有充足的养分，以满足果树生长发育的需要，所以盆土必须用培养土。培养土的成分和比例没有严格的要求，一般采用肥沃的田园土2份、腐叶土2份、腐熟的畜禽粪1份，或用田土3份、炉渣1份、腐熟的优质有机肥1份混配而成。配制时先将各种土壤打碎过筛，再按比例混合均匀。总之，配置的盆土要求营养丰富，疏松透气，保肥保水，呈微酸性，pH值为5.5至6.5。
配好的盆土要进行消毒，以杀死土壤中的病菌和害虫。常用的消毒方法有日光曝晒和福尔马林消毒法。日光曝晒是将盆土薄而均匀地摊在水泥地面上，曝晒2至3天。福尔马林消毒是用百分之5的福尔马林喷洒盆土，再用塑料薄膜密封熏蒸1至2天，然后除去薄膜，待药剂挥发后便可使用。
