(一)基础设施不完备且老化严重，运作率不高
现阶段我国所建设完成的农业水利工程有不少因其建设上缺乏科学合理性，质量无法得到保障，且设备不能得到及时更新替换，加之缺乏专业科学的标准化指导，水利工程采用的技术也存在严重的滞后性等原因，农业水利工程质量良劳不齐，不少难以高效运作，实现的经济效益也会比较低。基于此，必须加大对农业水利的整改力度和投资力度，为农业水利建设和管理打好基础。
(二)水利工程建设规划缺乏合理性
在进行基层农业水利工程建设的前期，由于在其规划设计上缺乏科学性和合理性，缺乏对工程建设的全面预测，忽略了对农业水利建设施工技术的考虑，或是忽视了对施工全过程的监管，导致基层农业建设与管理存在很多的问题，农业水利建设的作用及价值不能充分体现。如果面临重大自然灾害，农业水利起不到应有的抵御作用，不利于农业发展。
(三)职责落实不明确，管理体制不完善健全
以往的基层农业水利工程建设管理，主要是通过农村水利服务站进行实施，随着农村管理体制的不断改革，新的水利工程管理体制还没有形成，直接影响到了基层水利管理职责的明确与落实。与此同时，基层农业水利管理大多数是由当地社会组织自发组建的，不具备专业的水利管理技能，在水利工程管理上不知如何下手!
另外，由于基层农业水利建设管理涉及到的管理内容比较多，如果参与建设和管理的人员自身职责落实不够明确，常常会出现无人管的现象，从而降低基层管理的工作效率。
