植物群落的配置应根据场地条件因地制宜，充分利用现有地形、水系、植被等资源，通过多样、健康和稳定的植物群落配置，为生物共存建设友好的绿色空间，构建多样化的动物生境系统。
在立地条件较好的陆地区域，新植混交密林的郁闭度应适当控制在0.7左右，以促进复层群落的形成[42]。现有林地如存在高密度纯林，可进行疏移抚育并引入多类型树种，如搭配种植花相和果相差异明显的食源植物[43]，选取多分枝和多树洞的营巢树种，打造觅食区与营巢区横向复合的密林地。
在立地条件较差的陆地区域，保留现有高大乔木，加强抚育，形成更多连续的、利于动物停留栖息的树冠层，多选择耐贫瘠树种，控制乔木种植密度，自然式组团栽植利于动物取食和掩蔽的灌木和草本植物，打造具有垂直复层结构的疏林地。
在林地边缘和空地、山体陡坡面以及土壤贫瘠的拆迁地块，植被类型应以草地和灌丛为主。减少人工干预，以自然群落更新和演替为主，可适当增加早春和冬季挂果的树种以及蜜粉源植物，营造昆虫栖息地，为动物在食物贫乏期提供觅食来源。
在湿地区域，水域整体应保持较高的水生植被盖度，为鸟类和两栖类动物提供较大的躲藏空间、产卵地和足够面积的水上静栖点[44]，植被的枝叶覆盖能为两栖类动物的卵孵化提供适宜的水温，减少因水分过量蒸发而导致的干枯死亡[45]，避免它们登陆后暴露于过度的紫外线之中影响其生存。但植被不能完全覆盖水面，因为植被过多会降低水温和水体溶解氧浓度，导致水中藻类及附生生物数量减少，影响两栖类动物幼体的食物来源和觅食成功率[46]。
