1 石蒜鳞茎膨大过程中内源激素含量的变化
随着石蒜鳞茎的膨大，各内源激素含量的变化规律不同。Z 和 ABA 呈现升高趋势，IAA 呈现先升高后降低的趋势，ZR 在鳞茎膨大后两个阶段显著降低，GA 则不断降低（表 3）。
2 转录组测序、组装及注释
对 S1 ~ S4 这 4 个阶段的石蒜鳞茎样本（每个阶段包含 3 次生物学重复）的 c DNA 文库进行转录组测序，获得了 69.82 × 106 ~ 70.37 × 106条 Raw reads（表 4），数据量均大于 6 Gb。将原始测序数据过滤，去除测序接头污染、冗余重复等低质量的 Raw reads 后，获得了 61.34 × 106 ~ 62.33 × 106条 Clean reads，且 Q20 和 Q30 的比率分别高于 97%和 89%（表 4）。
对获得的 Clean reads 进行从头组装后获得总计 104 689 条 unigene，并在七大公共数据库对其进行注释（表 5）。
3 差异表达基因分析
以 S1 阶段的石蒜鳞茎转录组数据作为对照组来筛选差异基因，比较组分别为：S2/S1，S3/S1以及 S4/S1，分别鉴定得到 51 529、50 206 和 49 992 条差异基因，其中在所列比较组中，有 39 619个共同的差异表达基因（图 2）。
