由这种方式而产生的幼苗不会产生变异，其基因会保持与母本一致，并且诱导过程简单易行，在工厂化繁育中是首选的方式，能够有效控制成本和快速繁殖。间接器官发生其器官的发育以产生愈伤组织为基础。外植体经脱分化产生愈伤组织后，再经再分化产生植物器官。
这个过程一般可以通过调节植物生长调节剂来达到目的。通常，在第一阶段即愈伤组织诱导阶段在含生长素浓度较高的培养基中进行启动培养，使细胞脱分化；随后在含一定比例的生长素与细胞分裂素搭配的培养基中进行分化培养，从而产生新器官[32]。
这种方式相对于直接器官发生要困难，愈伤组织的长期诱导和继代过程会产生极少量的变异。间接器官发生产生的器官一般由单个细胞发育而来，这种方式在基因工种中应用较为广泛。
